Данные по белку SYM_ECOLI из базы данных Pfam

Описание доменной структуры белка SYM_ECOLI

Идентификатор Pfam	Сокращенное название	Полное название	Положение в а.к. последовательности
PF00133	tRNA-synt_1	Каталитический домен аминоацил-тРНК синтетаз класса I (I,L,M,V)	12-58
PF01406	tRNA-synt_1e	Каталитический домен аминоацил-тРНК синтетаз класса I (C)	324-358
PF01588	tRNA_bind	Предполагаемый тРНК-связывающий домен	580-674

Есть также 5 доменов из Pfam-B: Pfam-B_1142, Pfam-B_340, Pfam-B_303, Pfam-B_2843, Pfam-B_149

1f4l	Домен tRNA-synt_1 показан зелёным, tRNA-synt_1e – красным, tRNA_bind – желтым. На картинке слева представлена 3D-структура белка с отмеченными доменами tRNA-synt_1 и tRNA-synt_1e.

Описание семейства доменов, к которому принадлежит tRNA-synt_1

Функция аминоацил-тРНК синтетаз состоит в присоединении аминокислоты к соответствующей транспортной РНК через высокоспецифичную двухэиапную реакцию. 20 аминоацил-тРНК синтетаз разделены на два класса. Синтетазы специфичные к аргинину, цистенину, глутаминовой кислоте, глутамину, изолейцину, лейцину, метионину, тирозину, триптофану и валину относятся к первому классу. Специфичные к остальным аминокислотам – ко второму классу.

К семейству также относятся домены tRNA-synt_1b; tRNA-synt_1c; tRNA-synt_1d; tRNA-synt_1e; tRNA-synt_1f.

Аминоацил синтетазы класса I имеют каталитический домен, базирующийся на так называемой "укладке Россмана", который полностью отличен от структуры каталитического домена синтетаз II класса.

Ещё немного с сайта pereplet.ru : "Укладка Россмана" представляет собой шесть параллельных β-тяжей, чередующихся с α-спиральными участками и расположенных таким образом, что плоские поверхности β-структур напоминают веер.

Таксон Количество белков с доменом PF00133

Растения 25

Эукариоты Грибы 68

Животные 96

Бактерии 669

Археи 83

Слева представлено распределение белков, содержащих данный домен, по различным таксонам. Можно заметить, что намного чаще они встречаются в белках бактерий.
Всего известен 974 белок, содержащий домен tRNA-synt_1, чаще он встречается в сочетании с другими доменами. Случаев дупликации не найдено, но многочисленны случаи разделения его на части. Положение домена, видимо, зависит от функции белка, и он может находится в любом месте последовательности за исключением C-конца, но тяготеет к N-концу.